Σύγκρουση Αυτοχθόνων - Ετεροχθόνων.

Η Ιδιαίτερη μέριμνα της Κυβέρνησης για τους Πρόσφυγες αλλά και ο διορισμός των Προσφύγων σε δημόσιες θέσεις, προκάλεσαν αντιδράσεις στους αυτόχθονες. 

Οι Αυτόχθονες Έλληνες υποστηρίζαν ότι αυτοί αγωνίστηκαν για την Πατρίδα και τώρα παραμελούνται, ενώ οι Ετερόχθονες Έλληνες υποστήριζαν ότι έδωσαν τα πάντα (σπίτι, περιουσία κτλ) για την Πατρίδα και μάλιστα εγκατέλειψαν τα πάντα υπέρ της Πατρίδας.

Υπήρξε λοιπόν μεγάλη κόντρα, καθώς οι Αυτόχθονες ζητούσαν να φύγουν από τα δημόσια αξιώματα οι Ετερόχθονες.

Έτσι, το Σύνταγμα του 1844 (ακολουθεί ανάρτηση), έλαβε ουδέτερη στάση και δεσμεύτηκε να υπάρξει νομοθετική πράξη αργότερα περί αυτού του ζητήματος.

Αργότερα, καθορίστηκε ότι Δημόσιοι Υπάλληλοι μπορούσαν να είναι μόνο Αυτόχθονες της Ελληνικής Επικράτειας που αγωνίστηκαν για την Πατρίδα, και όσοι συμμετείχαν αποδεδειγμένα σε Μάχη μέχρι το 1829.

Ομως, δημιουργήθηκε ένα άλλο πρόβλημα.

Οι Αυτόχθονες, ζητούσαν να ενταχθούν οι Ετερόχθονες στους εκλογικούς καταλόγους της περιοχής που ζούσαν, ενώ οι Ετερόχθονες ζητούσαν να εκλέγουν Βουλευτές, ως ξεχωριστές ομάδες. 

Και πάλι η λύση ήταν ενδιάμεση.

Αποφασίστηκε, οι Ετερόχθονες να εκλέγουν δικούς τους Βουλευτές, μόνο εάν είχαν δημιουργήσει ξεχωριστό συνοικισμό, ειδάλλως, θα εντάσσονταν στους εκλογικούς καταλόγους της περιοχής που ζούσαν. 

Πολλές φορές μάλιστα, υπήρξαν και έκτροπα μεταξύ Αυτοχθόνων και Ετεροχθόνων (σαμποτάζ, δολοφονίες κτλ).

Παρά τις τεράστιες κόντρες μεταξύ τους οι οποίες συνεχίστηκαν για αρκετό καιρό, και παρά το γεγονός ότι το Προσφυγικό ήταν το πρώτο θέμα συζήτησης για πολλά χρόνια, οι Ετερόχθονες εντάχθηκαν στην Κοινωνία σε βάθος χρόνου και δεν υπήρξε ξανά ουδεμία κόντρα μεταξύ Αυτοχθόνων και Ετεροχθόνων.